Malkara ilçesi, Ülkemizin, Trakya bölgesinde yer almaktadır. Trakya bölgesine adını veren kavini Thrak (Trak)'lardır. Kaynaklar, Traklardan pek söz etmemektedir. Ancak son zamanlarda bu konuda yapılan araştırmalarda bunun böyle olmadığı anlaşılmıştır. Traklar M.Ö.  V. yüzyılda Kralları Adela zamanında Odrys adıyla anılırlar. Bunların, Yunanlılara ve Romalılara paralı askerlik yaptıkları bilinmektedir.
 
1980’li  yıllarda Bulgaristan da (Haskova'da) İngiliz araştırmacı James MELLART'ın yaptığı kazılarda ve  1988'de Tekirdağ
Naip köyündeki  kazılarda çıkan eserler, Trakların söylenenlerin aksine, zengin bir kültüre sahip olduğunu kanıtlamıştır.
 
Malkara'nın kuruluşuna gelince; kaynaklar Pers kralı Kserkes (Kayhüsrev) zamanında Yunan şehirleri ile yapılan savaşlar (Pers savaşları) sırasında, Malkara'ya çok yakın olan Gürgen Bayırı denilen yerde bir kalenin yapıldığı söylenmektedir. Bu kalenin civarında birçok yılan bulunduğundan, bu kaleye Farsça Margar veya Margaar adı verilmiştir. Farsça'da mar yılan, gar veya gaar da in-mağara anlamına geldiğine göre Malkara sözü, yılanlı mağara veya yılanlı kale anlamına gelmektedir. Malkara' nın Kurululuşundan Bugüne Kadar Geçen Zaman içerisindeki İsimleri zamanla bir' çok değişikliklere uğramıştır.
 
Şöyle ki:
 
*İranlı'lar zamanında M ARGAR-MARGAAR,
*Bizanslılar zamanında MEGALO HORA,
*Osmanlılar zamanında, önceleri bir süre MEGALO GORO  ve MlGALGARA,
*Sonraları, denizden uzaklığı ve denizden gelen mallarla irtibatı bulunmaması sebepleriyle kara malı anlamına gelen MAL-KARA, (ara iki cümle) d aha sonraları ise Arap dilinin genişlemesi ve etkisi altında kalınması yüzünden MAALGARA 'ya dönüşmüştür.
*Bugün ise MALKARA'dır.
 
Bir söylentiye göre, Makedonya Kralı Büyük İskender {M:Ö: 356-323) Trakya'da otuz yıldan fazla kalan Persleri (İranlıları) Trakya'dan uzaklaştırınca, Malkara'da (Malgar'da) Sazan, Malgar ve Kumardar isimli üç komutanı, edek güçlerin başına bırakmıştır. Kumardaç isimli komutan da kir kale yaptırmıştır (Halen oraya Kumardaş Tepe denilmektedir). Sazan adlı Komutan da yine bir kale yaptırmıştır (Bugün Sazan çiftliği denilen yerde). Bu kaleler daha sonra Romalıların eline geçmiştir. Bizanslılar dönemine kadar savunma amacıyla kullanılmışlardır.
Osmanlılar Rumeli'ye geçtiklerinde, Malkara, surları ile ünlü geniş bir  yerleşim alanı idi. Bu sırada şehrin adı Megalora-Megalkora (Büyükkoy), Melagoro (Ulular ulusu) diye anılmakta idi. Bilindiği gibi, Osmanlıların Rumeli'ye geçişi Sırplara karşı Bizans'a yardım amacıyladır. Daha sonra, Gelibolu - Çinpe Kalesinin Osmanlılara Bizanslılar tarafından verilmesiyle, burayı bir üs olarak kullanan Osmanlılar, fetih (ele geçirme) amacıyla, Gazi Süleyman Paşanın emrindeki güçlerle Rumeli'ye geçmişlerdir. (1353- 1356). Bu sırada Hacıilbey, Lala Şahin, Balaban Bey, Küçükhıdır Bey, Evrenbey,  Hacısungur Bey,  Müstecep Bey gibi ünlü komutanlar öncülüğünde Tekirdağ, Vize, Keşan, İpsala ve Çorlu şehri hızlı bir şekilde alınmıştır. Bazı kaynaklar bu arada Malkara'nın da alındığını yazmaktadırlar. Ancak, Malkara ve Hayrabolu'nun Gazi Süleyman Paşa’nın ölümünden bir kaç yıl önce alındığı akla daha yatkındır. Süleyman Paşa bir av sırasında (Bolayır ile Seydikavak arasında) kaza sonucu vefat etmiştir . (1359). Taktın varisi olan ku şehzadenin ölmesi üzerine yerine kardeşi I. Murat geçmiştir. 1360'lı yılların başında Bizanslıların saldırıları sonucunda, Trakya'da Osmanlıların elinde bulunan birçok yer gibi Malkara'da elden çıkmıştır. Ancak 1. Murat, bölgede duruma hakim olunca Malkara’da dahil daha önce elden çıkan yerler Osmanlı’nın eline geçti.
 
Bu duruma göre Malkara'nın, Osmanlılara geçtiği son ve kesin tarih 1363' tür. Malkara'yı fetheden Komutanın da Hacı İl Bey olduğu bilinmektedir. Bugün Trakya'da birçok yerde Hacı İl Bey adına yapılmış okullar bulunmaktadır.
 
Malkara'nın kesin olarak Osmanlılara geçmesinden sonra, Osmanlının yerleştirme politikasına uygun olarak Anadoludan getirtilen Yörükler, Malkara ve civarına yerleştirilmişlerdir. Bu arada, Ankara ve Çankırı dolaylarından getirtilen bazı ahi gruplar da Malkara'ya yerleştirilmiştir.. (Ahievren Köyü adı bu olaydan gelmektedir. ) 1. Murat' ın ahiliğe karşı büyük bir sevgisi olduğundan (kendisi de bir ahidir ), Malkara’ya ya getirtilen Yörükler arasında  ahilik oldukça yaygındır. Malkara ve civarına yerleştirilen Yürüklerin büyük bölümünün 1. Mehmet (Çelebi) döneminde "1402- 1421" Saruhanlı Beyliğinin Yörükleri olduğu bilinmektedir. Bunlar ;  Konya, Aydın ve Muğla çevrelerinden getirtilerek yerleştirilmişlerdir. Başlarında da ünlü Paşaviğit (Keşan'ın Paşaviğit kasabası onun adım taşır) bulunmaktaydı. İstanbul'un Türkler tarafından alınmasından sonra, Malkara'nın Balkanlara yapılacak seferler sırasında önem kazandığı görülür.
 
Fatih döneminde Malkara, daha sonraları Evlad-ı Fatihan adıyla anılan akıncıların merkezi olacaktır.
 
Paşayiğit’in  soyundan Turhan Bey yaşadığı dönem içinde Malkara'nın gelişmesini sağlamış, bu dönem de Malkara oldukça gelişmiştir. Zira, akıncı birliklerinin tüm ihtiyaçları buralarda karşılanmaktadır. "Bugün Malkara civarında Boyacılar, Enserciler, ekmekçiler, Yaylagöne gibi isimler bu dönemin izlerini taşır. Akıncı birlikleri için lazım olan her şey buralarda hazırlanıyordu." Turhan Bev' in oğulları Atina fatihi Ahmet (ki kurada ölmüştür) ve kardeşi Ömer Bey (Türbesi, Malkara'da adıyla anılan caminin avlusundadır. Klasik Osmanlı üslubunu taşıyan vapı, sağlam olarak günümüze kadar gelebilmiştir.)
Fatih döneminde önemli bir akıncı Beyidir. Kaynaklarda rastlandığı kadarı ile gözü pek bir komutan olan Ömer Bev, Fatih'in emriyle 1465'ler de Venedik'e 70 km. kadar yakın olan İzanco ırmağına kadar, 1470'lerde Romanya'ya Pleoşti (Bükreş yakınları) 'ye kadar uzanan maceralı akınlar yapmıştır. Fatih' in isteği ile 1473 Otlukbeli savaşma katılmış, uzun Hasan'ı İran içlerine kadar kovalamış ve orada esir düşmüştür. Fatih, bu değerli adamını, bir çok İranlı esiri vererek geri almıştır. Ömer Bev'in Malkara'da öldüğü bilinmektedir.(1488)
 
Büyük gezgin Evliya ÇELEBİ, hemen, hemen bütün Osmanlı İmparatorluğunu dolaşmış ve Malkara'yı da görmüştür. Malkara'nın 1.150 hanedan oluştuğunu, evlerinin kiremit örtülü, bakımlı bir şehir olduğunu Seyahatnamesinde belirtir. Avnca, şunları da ilave eder; "Gezdiğim yerlerden farklı bir yer Kömürhisar (Koru dağı - Malkara). Çünkü burada büyükler gibi çocuklar da çalışıyor. Balı ve Kaşkavalı (Kaşar Peyniri) ünlü olan bu yerin Tabakhaneleri (Deri İmalathanesi) de pek ünlüdür.
 
Malkara’nın Selanik’ten İstanbul’a giden eski yol üzerinde olması konaklama yönünden önemli bir merkez olmasını sağlamıştır.
 
Malkara 1828 Osmanlı-Rus Savaşı sırasında Türkler’ in elinde ilk defa işgale uğramıştır. 1878 Osmanlı-Rus Savaşında da (93 harbi) Tekirdağ işgal edilince Malkara, önemli göçlere sahne olmuştur. Malkara tarihinin en kötü günlerini Balkan Savaşı sırasında yaşamıştır.9 Kasım 1912 ‘de Bulgarlar tarafından işgal edilmiştir. Yerli Bulgar ve Rumların da işbirliği ile 500’den fazla kadın, erkek ve çocuk şehit edilmiştir. Şehit edilen insanlar toplu olarak gömülmüş, şehitlik denilen yerde anılarına bir anıt dikilmiştir. İşgal sekiz buçuk ay sürmüş bu arada şehir yakılıp yıkılmış, yağma edilmiştir.
 
14 Temmuz 1913’te Mustafa ve Enver Paşa’nın birlikleri tarafından şehir harabe halinde kurtarılmıştır. Malkara son kez, 1.Dünya Savaşı sonunda 20 Temmuz 1920’de Yunanlılar tarafından işgal edilmiştir. İşgal yıllarında  çok kötü günler yaşayan Malkara, 11 Ekim 1922 ‘de sağlanan ateşkes uyarınca 14 Kasım 1922 tarihinde Yunanlıların şehri boşaltmasıyla kurtulmuş ve özgürlüğüne kavuşmuştur.
 
 2.Dünya Savaşı yıllarında da (1940-1941) Trakya’daki diğer kasabalar halkı gibi buradakilerde işini, gücünü, yerini terk ederek Anadolu’ya göç etmek zorunda kalmış, türlü maddi, manevi sıkıntılara ve acılara maruz kalmışlardır.